Joke Boonstra maakt sinds 2017 deel uit van de Raad van Bestuur van het Erasmus MC, waarbinnen zij verantwoordelijk is voor de duurzame transitie van de organisatie. Samen met zorgverleners, docenten en wetenschappers geeft ze vorm aan de verankering van duurzaamheid in patiëntenzorg, onderzoek en onderwijs. Zij is daarnaast lid van de stuurgroep Duurzaamheid van de NFU.